毕达哥拉斯团体的所有精神、原则和行止,都植根于轮回说。如波菲留所述:“毕达哥拉斯对他的门人讲授过一些什么,已经无人清楚了,因为他们保持一种异乎寻常的缄默,但以下几点仍然是人们所共知的:第一,灵魂不朽;第二,灵魂能转移到其他生物体中;第三,已经发生过的事物还会以循环的方式重新发生,没有什么纯新的事物;第四,我们应把一切有生物都看作是同类的。”[11]人的灵魂处在一种循环的轮回之中,他将经历各种不同的生物体,历经磨难。只有经过彻底净化的灵魂,才能摆脱肉体的困扰,回到自由的“以太”,即神的世界。
在苦难的轮回中,灵魂又依怎样的法则选择它要寄寓的生命体呢?毕达哥拉斯认为,灵魂此生的体现形式取决于前生所度过的生活类型,它将在地狱里经过审判,得到相应的报偿或惩罚。[12]人身上最有力的部分是灵魂,它决定着人的生命变化。它可善可恶。灵魂向善,人就会获得幸福;灵魂趋恶,人生终会不幸。所以,毕达哥拉斯学派特别强调灵魂的净化,认为人应该在内心里对卑劣的行为感到悲哀、恐惧,对良善的行为感到喜悦;应该通过研习音乐与天文,使灵魂体悟到一切皆数,并由此得到净化。