灵魂是从心智派生出的。它处于无形的心智世界和有形的可感世界中间。它有两个等级，高级和低级。高级灵魂以理智为追求目标，低级灵魂与质料结合产生可感世界。普罗提诺十分强调灵魂的两重性。它可以和心智结合，也可以和肉体结合，是善恶两重性的表现。在灵魂和肉体的关系上，他认为物质是由灵魂创造出来的，进入肉体的灵魂不一定受到肉体的损害，但灵魂下降进肉体的动力却是情欲。灵魂中的善要求归复高于灵魂的心智，而恶则表现为对肉体、物质的迷恋。灵魂的复归，在普罗提诺看来既是指从肉体中的“解脱”，也是指与神圣本体太一相融合所产生的“狂迷”。
普罗提诺的论述，不仅从理论上阐明从太一到物质世界的生成过程，同样重要的是，如何通过一系列带有神秘主义色彩的宗教、伦理实践和仪式，使灵魂摆脱尘世，归复心智和太一世界。这后一方面就是净化灵魂的修行。
普罗提诺本人并不参加神庙的宗教仪式，对巫术、占星术等也持强烈反对态度。他提倡的宗教精神主要还是道德修行。但是他极力论证的人因追求精神上的神圣本体而产生的“狂迷”是一种典型的宗教狂热，他理论中的神秘主义色彩又很容易被进一步发挥，用于解释和指导各种超自然的宗教灵修活动。因此，后来的研究者认为：正是通过他，并通过受到他影响的奥古斯丁，那种被呈现为是整个希腊哲学发展终极结果的神秘主义变成基督教神学，成了中世纪和近代世界宗教中的一个重要因素。[10]