魏忠贤专权时，朝堂之上弥漫着诡异邪恶的风气，相比较言，东林党占上风时，最不济不过是一些公知用仁德忧虑、学术抗争带节奏而已，起码他们出发点还是为国为民，而阉党纯粹就是胡作非为祸国殃民了，他们用非人的手段大兴冤狱，无数东林党人被那帮跟着流氓耍流氓的阉党成员迫害，帮助天启即位立过大功的东林党人杨涟、左光斗，因为上书告发魏忠贤罪状，被他怀恨在心，背着天启将两位先后逮捕入狱，杨、左二人含冤被捕时，百姓竟哭声震天，无法挽留。无论这些对“正义”追求近乎病态的老夫子有没有做过迂腐愚蠢之事，必须值得一提的是，在和阉党斗争的过程中，他们从始至终坚持着那股固执的正气，梗着不肯低下的头颅维护自己的信念。这分不可抹杀的坚定，正是东林党执着秉承的博雅之风、浩然之气。
东林党人上疏无用，便将希望寄托于叶向高。叶向高时任内阁首辅大臣，魏忠贤还对他略有忌惮，最重要的是，他能够直接接触到天启，当面向他奏报魏忠贤种种罪责。可惜叶向高并没有杨涟左光斗等人的勇敢，他在魏忠贤强大的压力下胆怯了，只敢历数魏公公勤劳恭顺，却将罪行大而化小小而化无。然而魏忠贤并没有因此就放过叶向高，仅仅过了几月，叶向高就被魏忠贤逼得走投无路，不得不辞官回家。叶向高之后，首辅频换，直到阉党成员顾秉谦借机上位才止，顾秉谦很快成为魏忠贤的工具，他们相互勾结残害忠良。