刘敬宣提议投奔雍州杨安玄，刘轨称杨安玄与桓玄势不两立，桓玄随时可能兴军讨伐雍州，以雍州之力难以抗抵。
最终，刘轨、司马休之、高雅之、刘敬宣等人决定投奔南燕，而袁虔之、刘寿、高长庆、郭恭等北府将领则投奔后秦。众人相约将来若能得势，定率军南伐雪耻。
刘轨等人虽然败逃，桓玄感觉北府军终究是个心病。普通兵丁听从将领指挥，要想将北府军掌握在自己手中，但要除去北府旧将。
于是，桓玄以私通刘轨等人罪名诛杀吴兴太守高素、辅国将军竺谦之，高平相竺良之、辅国将军刘袭及其弟彭城人史刘季武等人。
建康士族对桓玄杀死北府旧将的反应平淡，自王恭兴军始，北府军就被建康士族视为麻烦。
得知桓玄对北府军将领举起屠刀，江都长张诞等人纷纷弃官叛逃，丁全、黄喜四处找寻北府逃将，张诞等人有不少投入到雍州军中，充实了雍州的军事、民政力量。
